Berdirinya Program Studi D-III Sistem Informasi Universitas Airlangga tidak terlepas dari sejarah berdirinya Fakultas Sains dan Teknologi (FST) Universitas Airlangga. Sedangkan FST sendiri merupakan pengembangan dari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA). Perubahan nama ini dilakukan sejalan dengan semakin berkembangnya program studi yang ada di lingkungan Fakultas MIPA. Semula FMIPA hanya mengelola empat program studi S1 (Matematika, Kimia, Bilologi, dan Fisika) dan dua program studi D-III (Sistem Informasi dan Otomasi Sistem Instrumentasi), pada tahun 2008 bertambah lagi dengan lahirnya lima program studi baru, yaitu tiga program studi S1 (Sistem Informasi, Teknobiomedik, dan Ilmu dan Teknologi Lingkungan), dan program studi S2 (Kimia dan Biologi). Sejalan dengan pengembangan ini maka berdasarkan SK Rektor No. 3294/J03/OT/2008 sejak 10 April 2008 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) berganti nama menjadi Fakultas Sains dan Teknologi. Diharapkan dengan perubahan nama fakultas ini dapat mengiringi dan mendukung visi universitas untuk dapat bersaing di dunia internasional terutama dalam pengembangan sains dan teknologi.

Program Studi D-III Sistem Informasi Universitas Airlangga dibuka oleh Jurusan Matematika FMIPA untuk merespons perkembangan teknologi sangat pesat. Prodi ini didirikan untuk memenuhi pasar kerja dengan kualifikasi tenaga kerja profesional tingkat menengah di bidang Sistem Informasi. Program Studi D-III Sistem Informasi didirikan melalui Surat Keputusan No. 247/DIKTI/Kep/2000 pada tanggal 2 Agustus 2000. Kegiatan perkuliahan secara efektif dilaksanakan mulai tahun akademik 2000/2001.

Mulai tahun akademik 2014/2015, pengelolaan jenjang pendidikan vokasi di Universitas Airlangga dikelola oleh satu lembaga tersendiri bernama Fakultas Vokasi. Penggabungan ini bertujuan untuk meningkatkan mutu pengelolaannya. Dengan meningkatkannya mutu pengelolaannya diharapkan dapat meningkatkan kualitas pendidikannya pula.